Penyesuaian transaksi akan dilakukan dari sistem terbuka di Gerbang Tol Jatikarya Utama menjadi sistem tertutup terintegrasi dengan Ruas Tol Cibitung-Cilincing. Transaksi di Gerbang Tol Jatikarya Utama arah Cibitung dikenakan tarif Segmen Cimanggis – Jatikarya (Golongan I Rp5.500) dan untuk tarif Jatikarya - Nagrak akan dikenakan di Gerbang Tol Tujuan (Golongan I Rp8.000). Sedangkan transaksi di Gerbang Tol Jatikarya Utama arah Cimanggis dikenakan tarif Segmen Cimanggis - Nagrak (Golongan I Rp13.500) dan tarif Tol Cibitung - Cilincing (apabila masuk dari Ruas Tol Cibitung - Cilincing).
Bagi masyarakat yang akan melintasi Jalan Tol Cimanggis-Cibitung, diminta untuk tetap berhati-hati dalam berkendara serta mengikuti rambu-rambu dan arahan dari petugas di lapangan.