Tidak hanya moncer di karier militernya, Ali juga pernah menjalani sejumlah pendidikan militer, antara lain Dikpasiswa angkatan ke-2 (1990), Dikcawak Kasel (1990-1991), Kursus Ausbildung Waffengerat U Boote 206 (kapal selam U-206 di Jerman tahun 1997).
Kemudian pendidikan Internasional PWO di Inggris (1998), International Submarine Warfare di Inggris (1999), Diklapa II Koum angkatan ke-14 (2000), Sustekdikpa TNI AL (2001), Seskoal angkatan ke-40 (2003), Sus Danlanal TNI AL (2004), hingga Lemhannas PPSA angkatan XXI (2017).
Selain itu, Muhammad Ali juga pernah menuntaskan pendidikan umum S1 ekonomi dan S2 manajemen.
Tak hanya itu, dia juga aktif mengikuti seminar nasional dan simposium di mancanegara, seperti Singapura, Amerika Serikat, Korea Selatan, dan lainnya. Muhammad Ali juga banyak memperoleh tanda jasa, antara lain, Bintang Yudha Dharma
Nararya, Bintang Jalasena Nararya, Satyalancana Kesetiaan 24 Tahun, Satyalancana Kesetiaan 16 Tahun, Satyalancana Kesetiaan 8 Tahun, Satyalancana Dwidya Sistha, Satyalancana Dharma Nusa, Satyalancana Wira Dharma, dan Satyalancana Kebhaktian Sosial.