Kariernya pun terus merangkak naik dan dipercaya menjabat Komandan KRI Nanggala-402 (2004 hingga 2006) dengan pangkat letnan kolonel.
Setelah memimpin KRI Nanggala, Ali dipercaya menjabat Pasops Satuan Kapal Selam (Satsel) Koarmatim (2006) dan Pabandya Renstra Paban I Renstra Srena Kasal (2006 hingga 2009).
Karier Ali pun terus merangkak naik, dengan pangkat kolonel, menjabat sebagai Asisten Operasi Komandan Pangkalan Utama (Asops Danlantamal) VI Makassar (2009 hingga 2010), Komandan Satuan Kapal Selam (Dansatsel) Koarmatim (Koarmada II, sekarang) pada 2010 hingga 2011, Komandan Pangkalan (Danlanal) Dumai (2011 hingga 2012).
Ali pun pernah menjabat sebagai ajudan Wapres RI Boediono selama dua tahun, yakni Tahun 2012-2014.
Dengan pangkat sebagai laksamana pertama, Ali menjabat sebagai Pati Sahli Kasal Bidang Ekojemen (2015), staf khusus Kasal (2015), Komandan Guskamlabar (2015 hingga 2017) dan Waasrena Kasal (2017 hingga 2018).
Selanjutnya saat berpangkat laksamana muda, Ali dipercaya menjadi Gubernur AAL pada 2018-2019, Koorsahli Kasal pada 2019, Panglima Komando Armada I pada 2019 hingga 2020, dan Asrena Kasal pada 2020 hingga 2021.
Setelah itu, Ali mendapat promosi menjadi perwira tinggi bintang tiga dengan menjabat sebagai Pangkogabwilhan I ketiga pada 2021 hingga 27 Desember 2022.