Namun hujan deras di jalur terbang membuat penerbangan delay selama 30 menit. Pukul 14.36 pesawat akhirnya diperbolehkan lepas landas.
Tak ada yang mendeteksi kejanggalan apapun saat pesawat lepas landas. Pilot mengkonfirmasi penerbangannya kepada Air Traffic Control (ATC). Pukul 14.37 pilot Afwan bahkan meminta izin naik ke ketinggian 29 ribu kaki.
Namun kejanggalan mulai terjadi. Pesawat tak lagi terlihat di radar ATC. Pukul 14.40 pesawat dikonfirmasi hilang kontak. Lokasi hilang kontak berada disekitar 11 mil laut dari Bandara Soekarno-Hatta.
Basarnas mulai menerima info 14.55 dan langsung mencari ke sekitar lokasi titik koordinat terakhir pesawat terlihat.
Kekhawatiran memuncak Pukul 18.20 WIB tim gabungan menemukan kabel di sekitar lokasi titik koordinat pesawat. Pukul 19.00, TNI AL mulai mengerahkan kapal perang dan pasukan katak untuk operasi pencarian pesawat.
