Selanjutnya, pada 16 Januari 1962, Sjahrir ditangkap di rumahnya. Kemudian Anak Agung Gde Agung, Soebadio Sastrosatomo, dan Sultan Hamid II pun dicokok. Tokoh-tokoh Masyumi seperti Moh Roem dan Prawoto Mangkusasmito juga ditangkap.
Hanya Hatta, kolega berpolitik Sjahrir sejak 1920-an di Belanda, yang tak disentuh.
Tahanan Politik Selama di tahanan, Sjahrir diperlakukan baik. Namun, keadaan fisiknya terus menurun. Pada November 1962, dokter keluarga mendapati tensi Sjahrir demikian tinggi. Ia lalu dipindahkan ke RSPAD Gatot Subroto, Jakarta.Setelah membaik, ia dipindahkan ke penjara di Jalan Keagungan, Jakarta. Pada Februari 1965, ia dipindahkan lagi ke RTM Budi Utomo. Di sinilah Sjahrir mengalami stroke kedua.Akhirnya, Soekarno memperbolehkan Sjahrir mendapatkan perawatan di luar negeri, asalkan bukan di Belanda. Keluarga Sjahrir memilih Zurich-Swiss, sebagai tempat pengobatannya.Bulan 21 Juli 1965, Sjahrir beserta keluarganya terbang ke Zurich. Inilah momen terakhir Sjahrir melihat tanah air yang ia perjuangkan. Sutan Sjahrir akhirnya meninggal dunia pada umur 57 tahun di Swiss, 9 April 1966.[caption id="attachment_305782" align="alignnone" width="700"]
Sjahrir bersama Haji Agus Salim.[/caption] Pahlawan Nasional Ratusan ribu orang mengantar ke pemakamannya. Bayangkan saja, rombongan paling depan sudah sampai di Kalibata, rombongan paling belakang baru sampe Bundaran Hotel Indonesia.
