Pada tahun 1992, ia bahkan mendapat kehormatan untuk mempersembahkan penghargaan Aktor Terbaik kepada Anil Kapoor untuk Beta, sementara dirinya sendiri menjadi nominasi Jo Jeeta Wohi Sikandar.
Tahun berikutnya, pada tahun 1993, ia menerima nominasi untuk film India Hum Hain Rahi Pyar Ke, tapi Shah Rukh Khan yang meraih penghargaan untuk Baazigar.
Titik kritis terjadi pada tahun 1995 ketika Shah Rukh Khan sekali lagi mendapatkan penghargaan Aktor Terbaik untuk Dilwale Dulhania Le Jayenge, meskipun penampilan luar biasa Aamir Khan di Rangeela yang membuatnya mendapatkan pengakuan luas pada tahun itu.
Menurut laporan Bollywood Life, Aamir Khan mulai percaya bahwa juri penghargaan menunjukkan bias terhadap Shah Rukh Khan, yang membuatnya secara sadar memilih untuk tidak ikut dalam acara penghargaan.
Sejak tahun 1995, banyak film Aamir Khan yang mendapat nominasi, dan aktor tersebut bahkan mendapatkan penghargaan untuk film-film seperti Raja Hindustani, Lagaan, dan Dangal.