Dakkila mengisahkan tentang Lolong (Ruru Madrid), seorang pria tampan dan pemberani. Kedua orang tuanya yaitu Gloria dan Raul mengenalkannya kepada seekor buaya bernama Dakkila dan sejak saat itu keduanya berteman dan tumbuh bersama.
Hingga pada suatu hari, Walikota memerintahkan untuk membunuh semua buaya dan orang tua Lolong tewas karena berusaha menyelamatkan Dakkila.
Sejak peristiwa tersebut, Lolong diasuh oleh orang tua angkat dan diam-diam masih menjalin pertemanan dengan Dakkila untuk membalaskan dendam atas kematian kedua orang tuanya.
Seiring berjalannya waktu, Lolong menyadari perubahan di dalam dirinya. Ketika ia terluka, maka luka tersebut akan sembuh cepat dengan sendirinya selayaknya kemampuan regenerasi yang dimiliki buaya.
Bersama dengan Dakkila, Lolong melawan kekuatan jahat demi menegakan keadilan dan kedamaian untuk dirinya dan warga di kotanya.
Akankah Lolong tetap menjalankan misi balas dendam atas kematian orang tuanya?